DH{}DataHunter

Набор данных из Zenodo · Deutsch, David

Can we define "dark genome" using the number of research resources?

Открыть на Zenodo
Лицензия
CC BY 4.0можно в коммерцииТекст лицензии
Лицензия разрешает коммерческое использование. Обычно нужно указать автора — точные условия в тексте лицензии.
Форматы
PY, PNG, RES, SQL, CSV
Размер
23 МБ
Обновлён
18 нояб. 2025 г.

Описание

The dark genome, as defined by those genes that are understudied (Opera, 2019) have been defined to some extent by the Illuminating the Druggable Genome, IDG project (RRID:SCR 016924). One goal of this project is to encourage the study of genes that are likely to be important for precision medicine but are currently understudied. The KOMP project (RRID:SCR 005571) aims to knock out 8500 genes from mice, to deliver these mice and their associated phenotype data to the research community also to illuminate the dark genome. Pharos pharos.nih.gov (RRID:SCR 016258) provides a list of gene symbols and a ‘Tdark’ tag when genes are not sufficiently understood. We apply this convenient definition of darkness as a baseline. The RRID project works with antibody manufacturers, plasmid providers and animal stock centers and contains the largest freely available list of these key resources. We use the search for individual gene names in the RRID.site API as a proxy for the availability of tools. We do not know how well the presence of a knock out animal, the presence of data as defined by the IDG project, or the availability of tools like antibodies and plasmids impact the attention…

Описание из Zenodo, сокращённое.

Файлы (19)

  • PYpostgres.py2,5 кБ
  • PNGComparison of Dark Gene Counts Venn Diagrams.png361 кБ
  • RESpapers_not_pharos_dark.res8,1 кБ
  • RESpharos_not_drugs_dark.res502 Б
  • SQLpharos_dark_at_least_one_plasmid.sql304 Б
  • RESpapers_and_pharos_dark.res13 кБ
  • PYgene_data_extraction.py3,9 кБ
  • PYhypgeo.py3,4 кБ
  • CSVgenes.csv21 МБ
  • SQLpapers_not_pharos_dark.sql333 Б
  • RESpharos_dark_at_least_one_plasmid.res4 кБ
  • CSVpharos.csv1,3 МБ
  • PYenter_pharos_data.py558 Б
  • SQLpharos_not_papers_dark.sql514 Б
  • SQLpharos_not_drugs_dark.sql509 Б
  • SQLpapers_and_pharos_dark.sql305 Б
  • PYdgidb_raw.py1,7 кБ
  • CSVpharos_dark.csv463 кБ
  • RESpharos_not_papers_dark.res8 кБ

DataHunter не хранит и не раздаёт эти файлы: каждая ссылка ведёт к первоисточнику. Перед использованием проверьте там лицензию.

Найти другие наборы