DH{}DataHunter

Набор данных из Zenodo · Hall, Michael B.

Mycobacterium representative kraken2 database

Открыть на Zenodo
Лицензия
CC0 1.0можно в коммерцииТекст лицензии
Лицензия разрешает коммерческое использование. Обычно нужно указать автора — точные условия в тексте лицензии.
Форматы
GZ, TXT, PY
Размер
6,2 ГБ
Обновлён
15 февр. 2024 г.

Описание

A kraken2 database built from the a representative Mycobacterium set of genomes. This archive contains the three files required by kraken2, hash.k2d, opts.k2d, and taxo.k2d, along with inspect.txt, which is obtained by running kraken2-inspect on the database. The genomes for this database were downloaded wiuth genome updater.sh (v0.6.3; https://github.com/pirovc/genome updater) with one RefSeq genome from each species in the Mycobacteriaceae family, plus one RefSeq genome from each species in the following genera: Klebsiella, Escherichia, Salmonella, Enterobacter, Streptococcus, Staphylococcus, Pseudomonas, Xanthomonas , and Bifidobacterium . genome updater.sh -A "species:1" -m -a -M "gtdb" -f "genomic.fna.gz" -g "bacteria" -d "refseq" -T "f Mycobacteriaceae,g Klebsiella,g Escherichia,g Enterobacter,g Salmonella,g Streptococcus,g Staphylococcus,g Pseudomonas,g Xanthomonas,g Bifidobacterium" -o GTDB Mycobacterium/ The python script prepare kraken fasta.py was then used to prepare the assemblies for use in kraken with the following command python prepare kraken fasta.py -r -x GCF 932530395.1,GCF 017190695.1,GCF 020735285.1,GCA 014701265.1,GCF 000013925.1,GCF 016756075.1,GCF…

Описание из Zenodo, сокращённое.

Файлы (3)

  • GZk2_Mycobacterium_20230817.tar.gz6,2 ГБ
  • TXTassembly_summary.txt707 кБ
  • PYprepare_kraken_fasta.py2,8 кБ

DataHunter не хранит и не раздаёт эти файлы: каждая ссылка ведёт к первоисточнику. Перед использованием проверьте там лицензию.

Найти другие наборы