The terrestrial carnivorous plant Utricularia reniformis sheds light on environmental and life-form genome plasticity: Annotation, Gene Ontology and raw data

Описание

Description: In this work, we deeply sequenced (genome and transcriptome of different organs), assembled, and analyzed the 311-Mbp genome of the terrestrial carnivorous plant U. reniformis (Lentibulariaceae). This project presents great importance to the understanding of genomic, evolutive and functional aspects of U. reniformis , which may, with the next-generation sequencing and computational biology approaches shed light to a better understanding not only for the biology and evolution of Utricularia genus, but also for other genera and lineages of the Lentibulariaceae family. Here we present all the raw data generated, including annotation and gene ontology files. External Information Genome Browser avaliable at CoGe Portal (https://genomevolution.org/coge/GenomeInfo.pl?gid=54799) GenBank Bioproject (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/290588) for raw genomic and transcriptomic reads FAPESP grant website contaning the project abstract and other information. Papers published related to Utricularia reniformis genome [1] Silva SR, Diaz YC, Penha HA, Pinheiro DG, Fernandes CC, Miranda VF, MichaelTP, Varani AM. The Chloroplast Genome of Utricularia reniformis Sheds Light on the…

Описание из Zenodo, сокращённое.

Файлы (64)

• FASTAUrenif-RNAseq-assembled.fasta343 МБ
• —ProcessRepeats_mod349 кБ
• FASTAUrenif-PASA-assemblies.fasta71 МБ
• CDSUrenif.CDS48 МБ
• —Ur.collinearity483 кБ
• CDNAUrenif.cDNA48 МБ
• ZIPCEGs.zip1,3 МБ
• FAUgibba_TEs_DANTE_2019.fa9 МБ
• FAUrenif-softmasked.fa296 МБ
• SQLANNOT-vFinal.sql54 МБ
• TXTUgibba_WEGO.txt1,7 МБ
• FAUrenif_TEs_DANTE_2019.fa38 МБ
• TXTUrenif_WEGO.txt3 МБ
• ANNOTUrenif_annot-noclean.annot9,6 МБ
• GFFUrenif-RepeatMasker.gff27 МБ
• FAUrenif-no-masked.fa295 МБ
• —Ur.gene_type1,5 МБ
• TANDEMUr.tandem126 кБ
• TANDEMUg.tandem42 кБ
• BOXurenif_nogs_emapper_annotations.box7,1 МБ
• TXTUrenif_GOStat.txt1,7 МБ
• GENEUrenif.gene77 МБ
• TXTUrenif_GAF.txt24 МБ
• FAUgibba-softmasked.fa98 МБ
• FASTAUgibba-RNAseq-assembled.fasta222 МБ
• GFF3Ugibba-RepeatMasker-v2.gff33,8 МБ
• GFF3Urenif-RepeatMasker.gff327 МБ
• TBLUgibba-RepeatMasker.tbl3 кБ
• GFF3Ugibba-RepeatMasker.gff33,4 МБ
• GFFUgibba-RepeatMasker.gff3,5 МБ
• TBLUrenif-RepeatMasker.tbl3 кБ
• PROTUgibba.prot12 МБ
• TXTUrenif_export.txt15 МБ
• GFF3Urenif-EVM.all-no-TEs-PASA-ANNOTATED.gff3104 МБ
• FASTAUrenif_fasta.fasta19 МБ
• GFF3Urenif-EVM.all-no-TEs-PASA.gff3105 МБ
• GFF3Urenif-RepeatMasker-v2.gff328 МБ
• STATSUgibba-PASA.stats2,9 кБ
• FASTAUgibba-PASA-assemblies.fasta76 МБ
• FAUgibba-no-masked.fa98 МБ
• BOXugibba_nogs_emapper_annotations.box3,4 МБ
• TXTUgibba_GOstat.txt961 кБ
• GENEUgibba.gene46 МБ
• TXTUgibba_GAF.txt14 МБ
• PROTUrenif.prot19 МБ
• BOXugibba_frozen_cleaned-validated.box99 МБ
• STATSUrenif-PASA.stats2,9 кБ
• BOXugibba_frozen.box105 МБ
• ANNOTUrenif_annot.annot8,3 МБ
• FASTAUgibba_fasta.fasta12 МБ
• TXTUgibba_export.txt8,1 МБ
• GFF3Ugibba-EVM.all-no-TEs-PASA.gff373 МБ
• GFF3Ugibba-EVM.all-no-TEs-PASA-ANNOTATED.gff371 МБ
• CDSUgibba.CDS30 МБ
• TXTUr-duplicates.txt268 Б
• BOXurenif_frozen_cleaned-validated.box169 МБ
• BOXurenif_frozen.box286 МБ
• CDNAUgibba.cDNA30 МБ
• ANNOTUgibba_annot-noclean.annot5,1 МБ
• ANNOTUgibba_annot.annot4,4 МБ
• —Ug.gene_type726 кБ
• TXTUg-duplicates.txt262 Б
• —Ug.collinearity591 кБ
• TXTREADME.txt5,8 кБ

DataHunter не хранит и не раздаёт эти файлы: каждая ссылка ведёт к первоисточнику. Перед использованием проверьте там лицензию.