DH{}DataHunter

Набор данных из Zenodo · William R. Pearson

CPBI_seqdb_demo sample QFO sequence library

Открыть на Zenodo
Лицензия
CC BY 4.0можно в коммерцииТекст лицензии
Лицензия разрешает коммерческое использование. Обычно нужно указать автора — точные условия в тексте лицензии.
Форматы
GZ
Размер
306 МБ
Обновлён
21 янв. 2020 г.

Описание

A medium-sized (approx 1 million entry) protein sequence database constructed from the NCBI 'nr' (Jan, 2017) database selecting Uniprot (SwissProt), RefSeq, and PDB entries for 66 species (taxon id's) from the Quest for Orthologs organism set. These files are designed to be used in conjunction with scripts and SQL files to construct the seqdb demo database, as described in a Current Protocols in Bioinformatics Unit 3.9 revised Spring, 2017. The files are: qfo demo.gz - a fasta-format sequence library with the curren NR Defline format (gzip compressed) qfo prot.accession2taxonid.gz, qfo pdb.accession2taxid.gz- tables that map accessions to taxon id's and gi-numbers, similar to that available in the NCBI pub/taxonomy/accession2taxid/prot.accession2taxid and pdb.accession2taxid files (gzip compressed).

Описание из Zenodo, сокращённое.

Файлы (3)

  • GZqfo_demo.gz293 МБ
  • GZqfo_prot.accession2taxid.gz12 МБ
  • GZqfo_pdb.accession2taxid.gz978 кБ

DataHunter не хранит и не раздаёт эти файлы: каждая ссылка ведёт к первоисточнику. Перед использованием проверьте там лицензию.

Найти другие наборы